本發明涉及一種用于癌癥中基因啟動子的超甲基化的新型標記物。更具體地說，本發明涉及一種確定在呼吸消化系統內是否發生腫瘤，或者對所述腫瘤進行治療后受試者是否復發的方法。本方法包括測定選自由CNRIP1、SPG20、FBN1、SNCA和INA所組成的組中一個或多個的基因的啟動子區域、第一外顯子或內含子中核酸序列中的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀態。本方法還涉及用來測定呼吸消化道中的腫瘤的診斷試劑盒。

1.與CNRIP1基因的啟動子區域中核酸序列互補的一個或多個寡核苷酸
引物或一組或多組寡核苷酸引物在制備測定受試者是否已經發生、正在發生、
易于發生結腸直腸癌癥、或者在結腸直腸癌癥的治療后是否復發的試劑盒中的
應用，所述CNRIP1基因由ensembl基因編號ENSG00000119865、entrez編號
25927所確定，該應用包括以下步驟：
a)測定從所述受試者獲得的樣品中的CNRIP1的啟動子區域中核酸序列
中的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀態，
b)與參照物比較所述甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位
點的甲基化狀態；和
c)如果甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀
態高于參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化
狀態，則將所述受試者確定為可能：發生了、正在發生或易于發生所述癌癥、
或在所述癌癥治療后復發，如果甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG
位點的甲基化狀態低于所述參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量
或CpG位點的甲基化狀態，則將所述受試者確定為不太可能：發生了、正在
發生或易于發生所述癌癥、或在所述癌癥治療后復發。
2.根據權利要求1所述的應用，其中，通過亞硫酸氫鹽測序、定量和/或
定性的甲基化特異性聚合酶鏈式反應、焦磷酸測序、DNA印跡法、限制性界
標基因組掃描、單核苷酸引物延伸、CpG島微陣列、SNUPE、聯合亞硫酸氫
鈉限制性內切酶分析法、質譜，通過使用甲基特異性限制酶，通過測量所述基
因的表達水平或它們的結合來對甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或
CpG位點甲基化狀態進行測定。
3.根據權利要求2所述的應用，其中，所述甲基特異性聚合酶鏈式反應
包括使用能夠與這樣的核酸序列雜交的核酸引物：該核酸序列包括2個CpG
位點和不在CpG位點內的胞嘧啶殘基。
4.根據權利要求1-3中任意一項所述的應用，其中，樣品得自血液、糞便、
尿液、胸水、膽汁、支氣管液、口腔洗出液、組織活檢、腹水、膿、腦脊髓液、
抽出物、濾泡液、組織或粘液。
5.根據權利要求1-3中任意一項所述的應用，其中，將該甲基化水平、甲
基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀態與至少一個附加標記物相組
合。
6.SEQ ID NO.:7所定義的核酸序列在制備測定受試者是否已經發生、正
在發生或易于發生結腸直腸癌癥、或者受試者在結腸直腸癌癥治療后是否復發
的試劑中的應用，該應用包括以下步驟：
a)測定從所述受試者獲得的樣品中的核酸序列中的甲基化水平、甲基化
的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀態，所述核酸序列含有選自由以下
所組成的組中的序列：
1)由SEQ ID NO.:7所定義的核酸序列；
2)與所述1)中所定義的序列互補的核酸序列；
b)與參照物比較甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的
甲基化狀態；和
c)如果甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀
態高于參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化
狀態，則將所述受試者確定為可能：發生了、正在發生或易于發生所述癌癥、
或在所述癌癥治療后復發，如果甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG
位點的甲基化狀態低于所述參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量
或CpG位點的甲基化狀態，則將所述受試者確定為不太可能：發生了、正在
發生或易于發生所述癌癥、或在所述癌癥治療后復發。
7.與CNRIP1基因的核酸序列互補的一個或多個寡核苷酸引物或一組或
多組寡核苷酸引物在制備用來測定癌癥的診斷試劑盒中的應用，所述CNRIP1
基因由ensembl基因編號ENSG00000119865、entrez編號25927所確定，其中，
對甲基化水平、甲基化的CpG位點的數量或CpG位點的甲基化狀態進行評價，
作為受試者是否發生了、正在發生或易于發生結腸直腸癌癥、或者受試者在結
腸直腸癌癥的治療后是否復發的指示物。