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構(gòu)建基因突變測(cè)序文庫的引物和方法以及試劑盒

  • 專利類型:發(fā)明專利
  • 有效期:不限
  • 發(fā)布日期:2022-01-22
  • 技術(shù)成熟度:詳情咨詢
交易價(jià)格: ¥面議
  • 法律狀態(tài)核實(shí)
  • 簽署交易協(xié)議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(shù)(專利)類型 發(fā)明專利
  • 申請(qǐng)?zhí)?專利號(hào) CN201510382788.1 
  • 技術(shù)(專利)名稱 構(gòu)建基因突變測(cè)序文庫的引物和方法以及試劑盒 
  • 項(xiàng)目單位 益善生物技術(shù)股份有限公司
  • 發(fā)明人 劉志明,吳詩揚(yáng),廖傳榮 
  • 行業(yè)類別 醫(yī)療器械-病房護(hù)理設(shè)備
  • 技術(shù)成熟度 詳情咨詢
  • 交易價(jià)格 ¥面議
  • 聯(lián)系人 陳鳳剛
  • 發(fā)布時(shí)間 2022-01-22  
  • 01

    項(xiàng)目簡(jiǎn)介

    本發(fā)明涉及一種涉及47種基因的PCR引物以及標(biāo)簽PCR引物,所述標(biāo)簽PCR引物由PCR引物以及連接于PCR引物對(duì)中至少一條引物5’端的DNA標(biāo)簽序列組成,所述DNA標(biāo)簽序列選自SEQ ID NO:107—SEQ ID NO:126。本發(fā)明還涉及應(yīng)用所述由標(biāo)簽PCR引物的DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的方法和試劑盒。本發(fā)明所提供的檢測(cè)方法與測(cè)序法的吻合率高達(dá)100%,所提供的擴(kuò)增引物與DNA標(biāo)簽形成一個(gè)特異性、靈敏度和重復(fù)性之間達(dá)到優(yōu)化、平衡的檢測(cè)產(chǎn)品,能并行檢測(cè)體細(xì)胞突變與單核苷酸多態(tài)性,一次檢測(cè)能夠準(zhǔn)確區(qū)分1?20種樣本來源的多條堿基序列。
    展開
  • 02

    說明書

    1.一種PCR引物,其特征是,包含所有如下針對(duì)目標(biāo)基因突變位點(diǎn)設(shè)計(jì)的引物序列:針
    對(duì)AKT1基因的SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2,針對(duì)AKT3基因的SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4,
    針對(duì)APC基因的SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8,針對(duì)ATM基因的
    SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10,針對(duì)BRAF基因的SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:
    13和SEQ ID NO:14,針對(duì)CDH1基因的SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16,針對(duì)CDKN2A基因的SEQ
    ID NO:17和SEQ ID NO:18,針對(duì)CTNNB1基因的SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20,針對(duì)CYP2D6
    基因的SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:24,針對(duì)CYP3A5基因的
    SEQ ID NO:25和SEQ ID NO:26,針對(duì)DPYD基因的SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28,針對(duì)EGFR
    基因的SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30,針對(duì)ERCC1基因的SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:32,針
    對(duì)ERCC2基因的SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:34,針對(duì)FGFR1基因的SEQ ID NO:35和SEQ ID
    NO:36,針對(duì)FGFR2基因的SEQ ID NO:37和SEQ ID NO:38,針對(duì)FGFR3基因的SEQ ID NO:39和
    SEQ ID NO:40,針對(duì)FLT3基因的SEQ ID NO:41和SEQ ID NO:42,針對(duì)GSTP1基因的SEQ ID
    NO:43和SEQ ID NO:44,針對(duì)HER2基因的SEQ ID NO:45和SEQ ID NO:46,針對(duì)HRAS基因的
    SEQ ID NO:47和SEQ ID NO:48,針對(duì)IDH1基因的SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50,針對(duì)IDH2
    基因的SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:52,針對(duì)KIT基因的SEQ ID NO:53和SEQ ID NO:54,針對(duì)
    KRAS基因的SEQ ID NO:55和SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57和SEQ ID NO:58,針對(duì)MEK1基因
    的SEQ ID NO:59和SEQ ID NO:60,針對(duì)MET基因的SEQ ID NO:61和SEQ ID NO:62,針對(duì)
    MTHFR基因的SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65和SEQ ID NO:66,針對(duì)NRAS基因
    的SEQ ID NO:67和SEQ ID NO:68,針對(duì)PDGFRA基因的SEQ ID NO:69和SEQ ID NO:70,針對(duì)
    PIK3CA基因的SEQ ID NO:71和SEQ ID NO:72,針對(duì)PIK3R1基因的SEQ ID NO:73和SEQ ID
    NO:74,針對(duì)PIK3R5基因的SEQ ID NO:75和SEQ ID NO:76,針對(duì)PTEN基因的SEQ ID NO:77和
    SEQ ID NO:78,針對(duì)PTPN11基因的SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80,針對(duì)RB1基因的SEQ ID
    NO:81和SEQ ID NO:82,針對(duì)STK11基因的SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85和
    SEQ ID NO:86,針對(duì)TP53基因的SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:88,針對(duì)TPMT基因的SEQ ID
    NO:89和SEQ ID NO:90,針對(duì)TSC1基因的SEQ ID NO:91和SEQ ID NO:92,針對(duì)TYMS基因的
    SEQ ID NO:93和SEQ ID NO:94,針對(duì)UGT1A1基因的SEQ ID NO:95和SEQ ID NO:96,針對(duì)
    VEGFA基因的SEQ ID NO:97和SEQ ID NO:98,針對(duì)VEGFR2基因的SEQ ID NO:99和SEQ ID
    NO:100,針對(duì)VEGFR3基因的SEQ ID NO:101和SEQ ID NO:102,針對(duì)VHL基因的SEQ ID NO:
    103和SEQ ID NO:104,針對(duì)XRCC1基因的SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106。
    2.一種標(biāo)簽PCR引物,其特征是,由權(quán)利要求1所述的PCR引物以及連接于每對(duì)引物中至
    少一條的5’端的DNA標(biāo)簽序列組成,所述DNA標(biāo)簽序列選自SEQ ID NO:107—SEQ ID NO:
    126。
    3.一種DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的方法,其特征是,主要包括以下步驟:
    A.分別提取至少一個(gè)待檢測(cè)樣本中的DNA;
    B.采用針對(duì)目標(biāo)基因突變位點(diǎn)的權(quán)利要求2所述的標(biāo)簽PCR引物,PCR擴(kuò)增不同的待測(cè)
    樣品,針對(duì)不同的待測(cè)樣品的標(biāo)簽PCR引物中的DNA標(biāo)簽序列不同;
    C.純化回收PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,并將不同待測(cè)樣品的擴(kuò)增產(chǎn)物混合,構(gòu)成核酸測(cè)序文庫。
    4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的方法,其特征是,待檢測(cè)樣本的數(shù)量
    為1-20個(gè)。
    5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的方法,其特征是,待檢測(cè)樣本的數(shù)量
    為20個(gè)。
    6.一種高通量測(cè)序的方法,其特征是,主要包括以下步驟:
    A、采用權(quán)利要求3-5任一項(xiàng)的DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的方法,建立核酸測(cè)序文庫;
    B、將核酸測(cè)序文庫依次進(jìn)行末端修復(fù)、連接接頭以及純化回收連接產(chǎn)物;
    C、對(duì)上述連接產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,以確定所述核酸測(cè)序文庫的序列信息。
    7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的高通量測(cè)序的方法,其特征是,所述步驟B中接頭的堿基序列
    如SEQ ID NO:127和SEQ ID NO:128所示。
    8.一種DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的試劑盒,其特征是,包含有:針對(duì)不同樣品的不同PCR引
    物組,所述每組PCR引物組中包含有53對(duì)PCR引物對(duì),且每對(duì)PCR引物對(duì)中至少一條的5’端連
    接有DNA標(biāo)簽序列,所述同一引物組的DNA標(biāo)簽序列相同,不同引物組的DNA標(biāo)簽序列不同,
    所述DNA標(biāo)簽序列選自SEQ ID NO:107—SEQ ID NO:126,所述PCR引物對(duì)如權(quán)利要求1所述。
    9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的DNA標(biāo)簽構(gòu)建測(cè)序文庫的試劑盒,其特征是,包括有針對(duì)不同
    樣品的20組PCR引物組,該20組標(biāo)簽PCR引物中的DNA標(biāo)簽序列選自SEQ ID NO:107—SEQ ID
    NO:126,且每組中的DNA標(biāo)簽序列各不相同,每組標(biāo)簽PCR引物中的PCR引物序列為:針對(duì)
    AKT1基因的SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2,針對(duì)AKT3基因的SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4,針
    對(duì)APC基因的SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8,針對(duì)ATM基因的SEQ
    ID NO:9和SEQ ID NO:10,針對(duì)BRAF基因的SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13和
    SEQ ID NO:14,針對(duì)CDH1基因的SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16,針對(duì)CDKN2A基因的SEQ ID
    NO:17和SEQ ID NO:18,針對(duì)CTNNB1基因的SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20,針對(duì)CYP2D6基因
    的SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:24,針對(duì)CYP3A5基因的SEQ
    ID NO:25和SEQ ID NO:26,針對(duì)DPYD基因的SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28,針對(duì)EGFR基因
    的SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30,針對(duì)ERCC1基因的SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:32,針對(duì)
    ERCC2基因的SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:34,針對(duì)FGFR1基因的SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:
    36,針對(duì)FGFR2基因的SEQ ID NO:37和SEQ ID NO:38,針對(duì)FGFR3基因的SEQ ID NO:39和SEQ
    ID NO:40,針對(duì)FLT3基因的SEQ ID NO:41和SEQ ID NO:42,針對(duì)GSTP1基因的SEQ ID NO:43
    和SEQ ID NO:44,針對(duì)HER2基因的SEQ ID NO:45和SEQ ID NO:46,針對(duì)HRAS基因的SEQ ID
    NO:47和SEQ ID NO:48,針對(duì)IDH1基因的SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50,針對(duì)IDH2基因的
    SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:52,針對(duì)KIT基因的SEQ ID NO:53和SEQ ID NO:54,針對(duì)KRAS基
    因的SEQ ID NO:55和SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57和SEQ ID NO:58,針對(duì)MEK1基因的SEQ
    ID NO:59和SEQ ID NO:60,針對(duì)MET基因的SEQ ID NO:61和SEQ ID NO:62,針對(duì)MTHFR基因
    的SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65和SEQ ID NO:66,針對(duì)NRAS基因的SEQ ID
    NO:67和SEQ ID NO:68,針對(duì)PDGFRA基因的SEQ ID NO:69和SEQ ID NO:70,針對(duì)PIK3CA基因
    的SEQ ID NO:71和SEQ ID NO:72,針對(duì)PIK3R1基因的SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74,針對(duì)
    PIK3R5基因的SEQ ID NO:75和SEQ ID NO:76,針對(duì)PTEN基因的SEQ ID NO:77和SEQ ID NO:
    78,針對(duì)PTPN11基因的SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80,針對(duì)RB1基因的SEQ ID NO:81和SEQ
    ID NO:82,針對(duì)STK11基因的SEQ ID NO:83和SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85和SEQ ID NO:
    86,針對(duì)TP53基因的SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:88,針對(duì)TPMT基因的SEQ ID NO:89和SEQ
    ID NO:90,針對(duì)TSC1基因的SEQ ID NO:91和SEQ ID NO:92,針對(duì)TYMS基因的SEQ ID NO:93
    和SEQ ID NO:94,針對(duì)UGT1A1基因的SEQ ID NO:95和SEQ ID NO:96,針對(duì)VEGFA基因的SEQ
    ID NO:97和SEQ ID NO:98,針對(duì)VEGFR2基因的SEQ ID NO:99和SEQ ID NO:100,針對(duì)VEGFR3
    基因的SEQ ID NO:101和SEQ ID NO:102,針對(duì)VHL基因的SEQ ID NO:103和SEQ ID NO:104,
    和針對(duì)XRCC1基因的SEQ ID NO:105和SEQ ID NO:106。
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專利技術(shù)附圖

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