關(guān)于發(fā)布上海市2024年度“科技創(chuàng)新行動計劃”計算生物學(xué)領(lǐng)域項目申報指南的通知
發(fā)布時間：2024-09-18 來源：上海市科學(xué)技術(shù)委員會滬科指南〔2024〕25號
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各有關(guān)單位：
為深入實施創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略，加快建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心，根據(jù)《上海市建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心“十四五”規(guī)劃》《上海市計算生物學(xué)創(chuàng)新發(fā)展行動計劃（2023-2025年）》，上海市科學(xué)技術(shù)委員會發(fā)布2024年度“科技創(chuàng)新行動計劃”計算生物學(xué)領(lǐng)域項目申報指南。
一、征集范圍
專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1：個體化基因表達(dá)調(diào)控元件功能解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)解析基因表達(dá)和調(diào)控元件活性的算法，實現(xiàn)等位基因特異性調(diào)控元件的功能預(yù)測，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)基于個體基因組的基因表達(dá)及調(diào)控元件活性定量解析算法，揭示人類基因組中等位基因表達(dá)及其調(diào)控的細(xì)胞和組織特異性機制；開發(fā)精準(zhǔn)預(yù)測跨細(xì)胞和組織類型的等位基因特異性調(diào)控元件的計算模型，解析在神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和復(fù)雜疾病發(fā)生發(fā)展過程中的作用機制。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向2：細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化分析算法，解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)對細(xì)胞命運決定和表觀遺傳重塑的影響機制，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化分析算法，精準(zhǔn)解析胚胎發(fā)育、癌癥發(fā)生等過程中細(xì)胞微環(huán)境多模態(tài)生物學(xué)特征間的相互關(guān)系，包括但不限于功能細(xì)胞組分、表觀遺傳景觀、生物分子流等特征解析，并鑒定出與細(xì)胞命運決定和表觀遺傳重塑密切關(guān)聯(lián)的重要細(xì)胞微環(huán)境特征。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向3：復(fù)雜表型的遺傳與環(huán)境因素解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)外部暴露與內(nèi)部多模態(tài)表型之間的解析算法，闡明關(guān)鍵遺傳和環(huán)境因素對復(fù)雜表型的影響機制，預(yù)測性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：整合基因組、環(huán)境暴露組、微觀表型和宏觀復(fù)雜表型等數(shù)據(jù)，建立集基因定位解析、因果關(guān)系推斷等功能的網(wǎng)絡(luò)模型；開發(fā)影響人體細(xì)胞、分子等表型的遺傳和環(huán)境因素解析算法，系統(tǒng)解析外部暴露與內(nèi)部多模態(tài)表型之間的相互作用。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向4：生物神經(jīng)元信息整合數(shù)學(xué)理論
研究目標(biāo)：發(fā)展生物神經(jīng)元整合信息的數(shù)學(xué)理論，建立新型類腦網(wǎng)絡(luò)模型，實現(xiàn)1個量級以上參數(shù)量的優(yōu)化，精度相比國際主流算法提升5%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)能夠解析真實生物神經(jīng)元工作機制的數(shù)學(xué)理論分析框架，建立具有神經(jīng)元樹突計算功能的新型脈沖神經(jīng)元模型；發(fā)展神經(jīng)元異構(gòu)連接下的網(wǎng)絡(luò)動力學(xué)編碼數(shù)學(xué)理論，開發(fā)新型類腦神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)以及動力學(xué)演化算法，并在經(jīng)典圖像（動態(tài)）識別、恢復(fù)及分類等基準(zhǔn)問題上進(jìn)行驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
專題二、蛋白質(zhì)與核酸設(shè)計改造
方向1：蛋白質(zhì)動態(tài)結(jié)構(gòu)預(yù)測與設(shè)計
研究目標(biāo)：開發(fā)低分辨率數(shù)據(jù)計算方法，提高蛋白質(zhì)分子動力學(xué)模擬效率，實現(xiàn)天然無規(guī)蛋白的動態(tài)構(gòu)象預(yù)測并指導(dǎo)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)設(shè)計。
研究內(nèi)容：基于晶體衍射或冷凍電鏡等實驗數(shù)據(jù)，開發(fā)提高結(jié)構(gòu)解析分辨率的計算方法，從低分辨率實驗數(shù)據(jù)分析提取大分子結(jié)構(gòu)動態(tài)分布信息；發(fā)展生物大分子結(jié)構(gòu)預(yù)測的柔性建模算法，建立蛋白質(zhì)分子動力學(xué)模型；實現(xiàn)對大規(guī)模天然無規(guī)蛋白動態(tài)構(gòu)象的系統(tǒng)預(yù)測，并指導(dǎo)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)設(shè)計。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向2：核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測和設(shè)計優(yōu)化
研究目標(biāo)：建立自主可控的核酸大語言模型，提升核酸結(jié)構(gòu)與功能的預(yù)測精度，核酸設(shè)計優(yōu)化性能相比國際同期最高水平提升5%以上。
研究內(nèi)容：基于大量核酸序列訓(xùn)練數(shù)據(jù)，開發(fā)自主可控的通用核酸序列語言模型，精準(zhǔn)預(yù)測核酸結(jié)構(gòu)、甲基化修飾、可變剪切等事件，實現(xiàn)RNA病毒演化趨勢的預(yù)測，以及更高蛋白表達(dá)效率核酸序列的設(shè)計優(yōu)化。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
專題三、AI藥物設(shè)計
方向1：疾病靶標(biāo)可干預(yù)變構(gòu)位點的識別方法開發(fā)與驗證
研究目標(biāo)：開發(fā)可干預(yù)變構(gòu)位點識別的新方法，構(gòu)建達(dá)到國際先進(jìn)水平的變構(gòu)藥物設(shè)計系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內(nèi)容：構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)化變構(gòu)位點數(shù)據(jù)集，采用并優(yōu)化增強采樣、特征生成、功能評價等智能算法，識別靶標(biāo)中可滿足疾病干預(yù)需求的變構(gòu)新位點；建立變構(gòu)藥物設(shè)計系統(tǒng)，篩選腫瘤等疾病的候選小分子藥物并進(jìn)行有效性驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業(yè)。
方向2：藥物分子精準(zhǔn)生成方法開發(fā)與驗證
研究目標(biāo)：開發(fā)分子三維構(gòu)象生成模型和分子原位生成方法，完成候選藥物分子生成和驗證，發(fā)現(xiàn)2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內(nèi)容：基于分子圖數(shù)據(jù)增強技術(shù)和生成式算法，建立精準(zhǔn)的分子三維構(gòu)象生成模型，開發(fā)片段分子表征方法和基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)的原位生成方法，實現(xiàn)多元分子的從頭生成和結(jié)構(gòu)優(yōu)化，獲得高成藥性候選分子并進(jìn)行有效性驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業(yè)。
方向3：抗體藥物設(shè)計方法開發(fā)與驗證
研究目標(biāo)：開發(fā)抗體藥物的虛擬篩選與設(shè)計優(yōu)化技術(shù)，實現(xiàn)抗體藥物的快速高效發(fā)現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)2個以上候選抗體藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內(nèi)容：解析構(gòu)象表位與抗體特異識別機制，建立生成式人工智能模型，實現(xiàn)大規(guī)模抗體序列庫高效虛擬篩選；開發(fā)抗體藥物的表位組合、免疫原性優(yōu)化和毒副作用改造等成藥性技術(shù)，實現(xiàn)腫瘤、自身免疫等高發(fā)疾病抗體藥物的篩選和設(shè)計優(yōu)化并進(jìn)行有效性驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業(yè)。
方向4：類抗菌肽藥物設(shè)計方法開發(fā)與驗證
研究目標(biāo)：建立類抗菌肽藥物的抗菌活性預(yù)測與結(jié)構(gòu)智能設(shè)計模型，開發(fā)2個以上高效耐藥細(xì)菌或真菌類的類抗菌肽，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內(nèi)容：開發(fā)大分子通用表征技術(shù)，建立類抗菌肽藥物的活性預(yù)測模型，實現(xiàn)構(gòu)效關(guān)系的深入分析與精準(zhǔn)預(yù)測；開發(fā)跨骨架的類抗菌肽生成模型，設(shè)計具有高效廣譜抗菌活性的類抗菌肽并進(jìn)行有效性驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業(yè)。
專題四、計算生物學(xué)在臨床重大疾病精準(zhǔn)診療中的應(yīng)用
方向1：疾病多組學(xué)測量數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化處理
研究目標(biāo)：開發(fā)批次效應(yīng)校正等組學(xué)數(shù)據(jù)處理的標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)，實現(xiàn)腫瘤等重大疾病亞型的精準(zhǔn)識別并完成性能驗證。
研究內(nèi)容：開發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)整合、批次效應(yīng)校正等技術(shù)，提升疾病隊列多組學(xué)數(shù)據(jù)的質(zhì)量；基于疾病多組學(xué)數(shù)據(jù)開發(fā)疾病的精準(zhǔn)分型算法，識別腫瘤等重大疾病的分子亞型并實現(xiàn)臨床應(yīng)用。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向2：基于醫(yī)療多模態(tài)數(shù)據(jù)的知識推理
研究目標(biāo)：建立覆蓋全科核心知識的醫(yī)療大模型，基于多種重大疾病多模態(tài)數(shù)據(jù)集的訓(xùn)練學(xué)習(xí)，實現(xiàn)2種以上重大疾病的協(xié)同會診。
研究內(nèi)容：采用知識推理、統(tǒng)計分析、動力學(xué)建模等方法，融合多維組學(xué)、臨床信息等多模態(tài)醫(yī)療數(shù)據(jù)，構(gòu)建醫(yī)療大模型，并在2種以上重大疾病的協(xié)同會診和個體化精準(zhǔn)治療等應(yīng)用場景進(jìn)行應(yīng)用驗證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向3：基于泛基因組學(xué)的腫瘤精準(zhǔn)診療分析
研究目標(biāo)：開發(fā)腫瘤泛基因組構(gòu)建技術(shù)，建立我國高發(fā)癌癥的泛基因組，精準(zhǔn)識別癌癥診療標(biāo)志物，識別準(zhǔn)確性高于現(xiàn)有通用檢測方法。
研究內(nèi)容：開發(fā)具有良好可擴展性的腫瘤泛基因組構(gòu)建技術(shù)，建立我國高發(fā)癌癥的泛基因組；基于泛基因組開發(fā)癌癥變異識別、分析及圖形化展示系統(tǒng)，精準(zhǔn)發(fā)現(xiàn)我國高發(fā)癌癥的臨床診療標(biāo)志物。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向4：重性精神疾病精準(zhǔn)早期預(yù)警
研究目標(biāo)：開發(fā)重性精神疾病多組學(xué)數(shù)據(jù)與環(huán)境因素交互作用的分析系統(tǒng)，實現(xiàn)對精神分裂癥等重性精神疾病患者的早期預(yù)警。
研究內(nèi)容：基于重性精神疾病大樣本多組學(xué)資源平臺，開發(fā)基因組結(jié)構(gòu)變異、轉(zhuǎn)錄組剪切變異、表觀修飾變異等數(shù)據(jù)分析算法，結(jié)合全基因組關(guān)聯(lián)技術(shù)及回顧性環(huán)境因素數(shù)據(jù)，建立精神分裂癥等重性精神疾病早期預(yù)警系統(tǒng)，為臨床早期干預(yù)提供支撐。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
二、申報要求
除滿足前述相應(yīng)條件外，還須遵循以下要求：
1.項目申報單位應(yīng)當(dāng)是注冊在本市的法人或非法人組織，具有組織項目實施的相應(yīng)能力。
2.對于申請人在以往市級財政資金或其他機構(gòu)（如科技部、國家自然科學(xué)基金等）資助項目基礎(chǔ)上提出的新項目，應(yīng)明確闡述二者的異同、繼承與發(fā)展關(guān)系。
3.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守科研誠信管理要求，項目負(fù)責(zé)人應(yīng)承諾所提交材料真實性，申報單位應(yīng)當(dāng)對申請人的申請資格負(fù)責(zé)，并對申請材料的真實性和完整性進(jìn)行審核，不得提交有涉密內(nèi)容的項目申請。
4.申報項目若提出回避專家申請的，須在提交項目可行性方案的同時，上傳由申報單位出具公函提出回避專家名單與理由。
5.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守科技倫理準(zhǔn)則。擬開展的科技活動應(yīng)進(jìn)行科技倫理風(fēng)險評估，涉及科技部《科技倫理審查辦法（試行）》（國科發(fā)監(jiān)〔2023〕167號）第二條所列范圍科技活動的，應(yīng)按要求進(jìn)行科技倫理審查并提供相應(yīng)的科技倫理審查批準(zhǔn)材料。
6.已作為項目負(fù)責(zé)人承擔(dān)市科委科技計劃在研項目2項及以上者，不得作為項目負(fù)責(zé)人申報。
7.項目經(jīng)費預(yù)算編制應(yīng)當(dāng)真實、合理，符合市科委科技計劃項目經(jīng)費管理的有關(guān)要求。
8.每位項目負(fù)責(zé)人申報項目不超過1項。
9.鼓勵項目產(chǎn)生的代碼提交到GitHub等學(xué)術(shù)社區(qū)共享。
三、申報方式
1.項目申報采用網(wǎng)上申報方式，無需送交紙質(zhì)材料。申請人通過“中國上海”門戶網(wǎng)站（http://www.sh.gov.cn）--政務(wù)服務(wù)--點擊“上海市財政科技投入信息管理平臺”進(jìn)入申報頁面，或者直接通過域名https://czkj.sheic.org.cn/進(jìn)入申報頁面：
【初次填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉(zhuǎn)入“一網(wǎng)通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進(jìn)入申報指南頁面，點擊相應(yīng)的指南專題，進(jìn)行項目申報；
【繼續(xù)填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄后，繼續(xù)該項目的填報。
有關(guān)操作可參閱在線幫助。
2.項目網(wǎng)上填報起始時間為2024年9月26日9:00，截止時間（含申報單位網(wǎng)上審核提交）為2024年10月18日16:30。
四、評審方式
采用第一輪通訊評審、第二輪見面會評審方式。
五、立項公示
上海市科學(xué)技術(shù)委員會將按規(guī)定向社會公示擬立項項目清單，接受公眾異議。
六、咨詢電話
服務(wù)熱線：8008205114（座機）、4008205114（手機）
上海市科學(xué)技術(shù)委員會
2024年9月18日
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