1.一種低成本AML1-ETO融合基因快速檢測探針的制備方法,其特征在于,包括如下步
驟:
(1)從UCSC Genome Browser下載AML1和ETO基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序
列,其中AML1探針覆蓋區域為:chr21: 34787801-35049334,ETO探針覆蓋區域為:chr8:
91954967-92103365;
(2)將步驟(1)獲得的AML1基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程
序chunks.pl分割成1kb大小的區塊;將分割后的區塊批量導入OligoArray 軟件進行探針
設計、探針篩選,然后將篩選出的探針導出到EXCEL表格中,再分別在每條探針的5’端加上
17bp的標簽序列、3’端加上18bp的標簽序列,得到一系列帶有標簽序列的AML1探針序列;所
述探針篩選的條件為:探針長度50bp,TM值85~99℃,GC比40~80%,不含TTTT/GGGG/AAAA/
CCCC,探針間最小間隔5bp;所述標簽序列的堿基序列如下所示:5’端標簽序列為:
TGTAAAACGACGGCCAG,3’端標簽序列為:GGTCATAGCTGTTTCCTG;
(3)將步驟(1)獲得的ETO基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程序
chunks.pl分割成1kb大小的區塊;將分割后的區塊批量導入OligoArray 軟件進行探針設
計、探針篩選,然后將篩選出的探針導出到EXCEL表格中,再分別在每條探針的5’端加上
17bp的標簽序列、3’端加上18bp的標簽序列,得到一系列帶有標簽序列的ETO探針序列;所
述探針篩選的條件為:探針長度50bp,TM值85~99℃,GC比40~80%,不含TTTT/GGGG/AAAA/
CCCC,探針間最小間隔5bp;所述標簽序列的堿基序列如下所示:5’端標簽序列為:
TGTAAAACGACGGCCAG,3’端標簽序列為:GGTCATAGCTGTTTCCTG;
(4)使用DNA合成儀對步驟(2)所得帶有標簽序列的AML1探針序列進行化學合成,將化
學合成的探針進行混合,制備得到AML1探針庫;同理,使用DNA合成儀對步驟(3)所得帶有標
簽序列的ETO探針序列進行化學合成,將化學合成的探針進行混合,制備得到ETO探針庫;
(5)分別合成5’端帶有綠色熒光基團的M13通用引物和5’端帶有橘紅色熒光基團的M13
通用引物,使用5’端帶有綠色熒光基團的M13通用引物對AML1探針庫進行擴增標記反應,使
用5’端帶有橘紅色的熒光基團的M13通用引物對ETO探針庫進行擴增標記反應;所述通用引
物的序列如下所示:M13-F TGTAAAACGACGGCCAGT,M13-R CAGGAAACAGCTATGACC;
(6)將步驟(5)所得AML1探針庫的擴增標記產物純化、稀釋后即得到熒光標記的AML1探
針庫, 將步驟(5)所得ETO探針庫的擴增標記產物純化、稀釋后即得到熒光標記的ETO探針
庫,所述熒光標記的AML1探針庫和熒光標記的ETO探針庫構成了AML1-ETO融合基因快速檢
測探針。
2.根據權利要求1所述制備方法,其特征在于,步驟(5)所述擴增標記反應的PCR反應體
系如下:
2×PCR Mix 25μL
模板 50ng
M13-F 1μL
M13-R 1μL
H2O 補足至50μL。
3.根據權利要求1所述制備方法,其特征在于,步驟(5)所述擴增標記反應的PCR反應條
件如下:95℃5min;94℃ 30s,58℃ 30s,72℃ 30s,共進行35個循環;72℃10min。
4.一種包含權利要求1~3任一所述制備方法制備所得AML1-ETO融合基因快速檢測探針
的AML1/ETO融合基因試劑盒。
5.權利要求4所述試劑盒在制備用于檢測AML1/ETO融合基因產品中的應用。
6.根據權利要求5所述應用,其特征在于,具體的應用方法包括如下步驟:
(1)樣本處理:將外周血細胞滴片樣本放入盛有2×SSC的容器中,微波爐高火加熱處理
3min直至液體沸騰,然后再中低火繼續加熱處理10min,處理完成后立即將玻片置于-20℃
預冷的梯度酒精中脫水晾干,備用;
(2)AML1-ETO融合基因快速檢測探針雜交混合物的制備:將熒光標記的AML1探針庫、熒
光標記的ETO探針庫和雜交緩沖液按照1:1:9的體積比混合;
(3)探針樣本共變性:每例樣本使用10μL步驟(2)混合所得AML1-ETO融合基因快速檢測
探針雜交混合物,使用22×22mm蓋玻片蓋片,使用橡皮膠封片,封片后將玻片置于雜交儀中
90℃變性1min,37℃雜交15~30min;
(4)雜交后洗滌:待雜交完成后揭去蓋玻片,將玻片置于60℃預熱的洗液中洗滌去除未
結合探針;
(5)復染及鏡檢:將晾干的玻片滴加10μL抗淬滅封片劑封片,然后在熒光顯微鏡下觀察
雜交結果。
7.根據權利要求6所述應用,其特征在于,步驟(2)中所述雜交緩沖液的組分為:10wt%
去離子甲酰胺、20wt%硫酸葡聚糖、1μg/mLRNaseA、0.6M氯化鈉、10mM檸檬酸緩沖液。
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