本發明公開了宏基因組提取方法，所述方法利用探針雜交磁珠捕獲方式降低宿主宏基因組DNA樣品中宿主DNA。所述方法利用宿主DNA中的重復序列Alu序列及其兩端保守序列作為模板，設計單向或者雙向探針，其中每條探針的5’端以生物素修飾，使用包被有鏈霉親和素的磁珠捕獲與探針雜交的宿主DNA，以達到減弱宏基因組中宿主DNA背景、提高測序數據有效率的目的。

1.一種宏基因組提取方法，其特征在于，利用探針雜交磁珠捕獲方式降低宿主宏基因組DNA樣品中宿主DNA的影響；所述探針與所述宿主基因組DNA樣品雜交后與所述磁珠偶聯，具體步驟如下：1）將標記有生物素的所述探針與提取的所述宿主宏基因組DNA樣品進行雜交；2）用包被有鏈霉親和素的所述磁珠捕獲探針與所述宿主DNA的復合體，并用磁力架分離磁珠-探針-目標DNA復合物；3）將去除所述磁珠-探針-目標DNA復合物的雜交液以及雜交后的磁珠清洗液進行純化回收DNA；探針5’端修飾有生物素；所述探針選自序列表中的序列SEQ?ID?NO：1至序列SEQ?ID?NO：139。2.一種宏基因組提取方法，其特征在于，利用探針雜交磁珠捕獲方式降低宿主宏基因組DNA樣品中宿主DNA的影響；所述探針與所述磁珠偶聯后與所述宿主基因組的雜交；具體步驟如下：1）利用包被有鏈霉親和素的所述磁珠與標記生物素的所述探針偶聯；2）將偶聯好的復合物與所述宿主宏基因組DNA樣品雜交；3）去除磁珠-探針-目標DNA復合物，對雜交液和雜交清洗液進行純化回收DNA；探針5’端修飾有生物素；所述探針選自序列表中的序列SEQ?ID?NO：1至序列SEQ?ID?NO：139。3.根據權利要求1~2的任一項所述的宏基因組提取方法，其特征在于雜交完成之后，對所述磁珠-探針-目標DNA復合物進行加熱或者氫氧化鈉法變性，回收偶聯有探針的磁珠。4.根據權利要求1~2的任一項所述的宏基因組提取方法，其特征在于所述宿主宏基因組DNA樣品取自人呼吸道、口腔、消化道、皮膚或生殖道。