1.一種土壤微生物cDNA文庫的構建方法,其特征在于:具體步驟包括如下:(1)土壤微生物總RNA獲得:提取獲得土壤微生物基因組DNA和總RNA,再利用DNA酶去除基因組DNA后獲得總RNA,總RNA純化后備用;步驟(1)中利用DNA酶I去除基因組DNA后獲得總RNA,總RNA用RNAPure高純總RNA快速提取試劑盒和MicroSpin?S-400?HR?spin?column進行純化;(2)總RNA的逆轉錄:上述(1)中獲得的總RNA采用PrimeScript?RT?reagent?Kit進行逆轉錄,具體步驟為:在反應體系中加入2?μl??5×PrimeScript?Buffer,0.5?μl??PrimeScript?RT?Enzyme?Mix?I,0.5?μl??Oligo?dT?Primer?50?μM,2?μl??Random?6?mers?100?μM?和500ng??總RNA,并用RNAase-free?H2O?補足至終體積10?μl;反轉錄反應條件如下:?37℃?15?min,85℃?5?sec;逆轉錄獲得的單鏈cDNA用2.5倍體積的無水乙醇和0.1倍體積3M的醋酸鈉溶液pH=5.2,于-20℃下沉淀12?h,后于4℃?14000rpm離心10min,離心獲得的沉淀用?1ml?75%的乙醇,于4℃?14000rpm離心洗滌10min,重復兩次,后去除上清并吹干沉淀,沉淀用50ul無菌水溶解;(3)cDNA?5’端接頭連接:上述(2)的cDNA?先用Alkaline?Phosphatase進行5’的去磷酸化反應,具體步驟為:在反應體系中加入43ul?cDNA,?5ul?10×Alkaline?Phosphatase?Buffer,2ul?Alkaline?Phosphatase,37℃反應30min,反應液用等體積的苯酚/氯仿/異戊醇25?:24?:1抽提1次,4℃?14000rpm離心10min,上清用2.5倍體積的無水乙醇和0.1倍體積3M的醋酸鈉溶液pH=5.2,于-20℃下沉淀60min,?后于4℃?14000rpm離心10min,沉淀用1ml?75%的乙醇?于4℃?14000rpm離心洗滌10min,后去除上清并吹干沉淀,沉淀用10ul無菌水溶解;去磷酸化后的cDNA利用DNA連接酶與5’接頭5'-CTAATACGACTCACTATAGGGCAGCGTGGTCGCGGCCGAGGT-3',5’端經磷酸化修飾,于16℃下連接12?h,?連接產物用2.5倍體積的無水乙醇和0.1倍體積3M的醋酸鈉溶液pH=5.2,于-20℃下沉淀12h后離心洗滌,用43ul的無菌水溶解沉淀;(4)?cDNA?3’端接頭連接:將(3)中連有5’接頭的cDNA加入?2ul?T4?Polynucleotide?Kinase,?5ul?10×T4?DNA?Polynucleotide?Kinase?Buffer,?37℃反應30min,反應體系用等體積的苯酚/氯仿/異戊醇25?:24?:1抽提1次,4℃?14000rpm離心10min,上清用2.5倍體積的無水乙醇和0.1倍體積3M的醋酸鈉溶液pH=5.2,于-20℃下沉淀60min,沉淀用1ml?75%的乙醇,于4℃?14000rpm離心洗滌10min,后去除上清并吹干沉淀,沉淀用10ul無菌水溶解,磷酸化反應后的cDNA利用DNA連接酶與3’接頭5'-CTAATACGACTCACTATAGGGCTCGAGCGGCCGCCCGGGCAGGT-3'?于16℃下連接12?h;(5)PCR擴增:取1ul上述(4)分別連接有3’端和5’端接頭的cDNA,用接頭的互補引物P1:5'-TCGAGCGGCCGCCCGGGCAGGT-3'?,?P2:5'-AGCGTGGTCGCGGCCGAGGT-3'?進行擴增,反應體系為10×Buffer?5μl,dNTP10mM?2μl,上述引物P1,P2?10μM各2μl,Taq?DNA聚合酶5U/μl?0.3μl,cDNA?1μl,無菌水37.7μl,共50μl,具體的反應參數為:95℃?1?min,94℃?1?min,?65℃?30sec,72℃?2?min?30sec?30?cycles,?72℃?10min,擴增后取1ul作為模板按上述反應參數繼續二次擴增,循環數為20;(6)?cDNA文庫的構建:將(5)中PCR產物經純化后,與pMD-18?T載體進行連接后42℃熱擊轉化大腸桿菌DH5α感受態細胞,獲得水稻土壤微生物cDNA文庫。
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