本發(fā)明公開了塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的全基因組序列及其擴(kuò)增引物。本發(fā)明先用一步RT?PCR方法擴(kuò)增出SVV/CH/ZZ/2016株的7個(gè)核苷酸序列片段(S1、S2、S3、S4、S5、S6和S7)，然后對(duì)7個(gè)核苷酸序列片段進(jìn)行克隆測序，再將7個(gè)核苷酸序列片段的DNA序列依次進(jìn)行拼接、編輯及校正，最終得到塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的全基因組序列。本發(fā)明獲得的塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016全基因組序列有利于塞尼卡谷病毒致病機(jī)制、分子流行病學(xué)、反向遺傳學(xué)等的進(jìn)一步研究，從而對(duì)塞尼卡谷病毒的診斷試劑開發(fā)、疫苗研制等奠定重要的數(shù)據(jù)支持和理論基礎(chǔ)。

1.塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的全基因組序列，其核苷酸序列如序列表中SEQ IDNo:1所示。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的全基因組序列，其特征在于：塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的開放閱讀框的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No:1自5’端第671bp-7213bp所示。3.一種獲得權(quán)利要求1所述塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016全基因組序列的方法，包括以下步驟：1)提取塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016 CGMCC 14886的總RNA；2)以RNA為模板，在上述引物組合的引導(dǎo)下，用一步RT-PCR方法擴(kuò)增塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016全基因組的7個(gè)核苷酸序列片段：S1，長度為1195bp、S2，長度為1581bp、S3，長度為1386bp、S4，長度為1235bp、S5，長度為1698bp、S6，長度為1075bp和S7，長度為876bp；3)將7個(gè)目的核苷酸序列片段回收、連接、轉(zhuǎn)化，挑取陽性單克隆菌測序；4)用生物信息學(xué)DNAStar軟件依次將步驟3)中得到的7個(gè)核苷酸序列片段的DNA序列的重疊部分進(jìn)行拼接、編輯及校正，得到塞尼卡谷病毒SVV/CH/ZZ/2016的全基因組序列。4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于：所述步驟2)中的一步RT-PCR的50μL反應(yīng)體系包括：總RNA2μL、2×One Step RT-PCR BufferⅢ25μL、5U/μL的TaKaRa Ex Taq HS1μL、PrimeScript RT enzyme MixⅡ1μL、20μM的上游引物1μL、20μM的下游引物1μL、無RNA酶水19μL。5.根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的方法，其特征在于：所述步驟2)中的一步RT-PCR反應(yīng)程序?yàn)椋合?2℃反轉(zhuǎn)錄30min，再95℃預(yù)變性3min；然后94℃變性10s、50℃-60℃退火30s-60s、72℃延伸30s-120s，共35個(gè)循環(huán)；最后72℃延伸10min。